柬埔寨的热带雨林深处，隐藏着一群神秘的古老寺庙，它们被称为吴哥窟。
吴哥窟在吴哥王朝崩溃后被埋没在荒野之中四百多年，让全世界都遗忘了它的存在。直到1860年，法国博物学家姆欧在密林中探索时，发现了它们，吴哥窟才得以重见天日。
但是人们很快发现，熬过历史沧桑、战火摧残的吴哥窟，正在卷入另一场可怕的纠缠之中。
许多寺庙，都被古树缠绕着，巨大的热带树木，用巨蟒一样的根系紧紧地缠绕着庙墙寺塔，有些古树骑跨在围墙上，盘根错节，蜿蜒攀附。墙体与古树一起倾斜，崩裂，看似摇摇欲坠，却又勾连锁系，形成一种微妙特殊的共生关系。但是，随着树木的不断生长，在不久的将来，这些寺庙将会被挤压得坍塌成一堆堆石块。
为了保护这些珍贵的世界遗产，世界许多国家都派出文物修复专家抢救吴哥窟。但是树木与建筑既相互依存又相互威胁的现状，让这些想保存吴哥窟荣耀的专家们倍感棘手：如果要清理掉建筑中的树木，寺庙就会倒塌，因为树木的根茎是维系吴哥窟多处断壁残垣的唯一凭借；如果不清理这些树木，照此发展下去，树木的生长会不断挤压早已摇摇欲坠的脆弱建筑，用不了多久，它们就会摧毁这座千年古迹。
文物专家们没有办法改变这些寺庙的现状，而只能修剪一下这些树木，但有一点可以肯定，无论人类怎么做，吴哥窟终会倒下，而它们的位置将会被树木取代。无法改变的残酷现实，让为这些艺术瑰宝心醉的人心碎。
如果，将时光倒退到一千多年前，我们将会看到另一番毕生难忘的画面。这里没有建筑，因为这是南亚最大的一片热带雨林，各种树木，葱茏茂密，生机勃勃，竞相生长，构建着一片宁静而和谐的绿色王国。直到有一天，人类的足迹出现在这里，他们用刀斧，用火，蛮横地将一棵棵大树砍倒，烧死，最终，一片片森林被烧成灰烬，夷为平地。然后，许多巨石被从别处运来，在上百年的时间里，一座一座寺庙在森林的心脏地带挺起。最终，一座座令人叹为观止的世界奇迹产生了。
建筑者们不曾想到，那些被砍倒的树木，并没有屈服于人类的屠刀烈火，它们将屈辱与愤怒的根须深深埋在地下，等待机会破土而出，收复自己的家园。接下来，在一场关于时间和耐力的比拼中，人类的文明开始屈服于自然。吴哥王朝覆灭后，吴哥窟被遗弃，树木的进攻由此拉开了序幕，一点点的蚕食和瓦解，让这些“占领者”崩塌，破碎，走向毁灭。
先进的科技，精湛的工艺，只能暂时延缓吴哥窟衰败的速度，在强大的自然力量面前，谁也挽救不了它们。
吴哥与树的故事，告诉人类如何与自然相处：向自然进攻，与自然为敌，最终必会败给自然。只有顺应自然，与自然和谐共处，我们才会得享自然给予的润泽与馈赠。