与清廷不合作，甚至激烈抗清的，除朱耷外，还有许多著名学者，如顾炎武、黄宗、王夫之、傅山等人.
顾炎武是一位大思想家、大学问家，有非常强烈的爱国思想与高尚的民族气节.面对明朝末年国家残破的形势，以及清朝统治者的残酷镇压，他提出“天下兴亡，匹夫有责”的口号，意思是，国家兴衰存亡的大事，老百姓也有责任关心和参与.
顾炎武出生在江苏昆山.他家是江南的名门望族，世代都有读书人，家中藏书很多.受他祖父的教育指导，他从小就不太注重科举考试，而着重阅读一些有实际用处的书籍，如孙吴兵法及《左传》、《史记》、《资治通鉴》等记述历史兴亡、经验教训的史书，还广泛学习天文、历法、地理、农业、水利等方面的知识，研究“经世致用”（对治理国家、安定民生有实用价值）的学问.
他的继母王氏，是位勤劳朴实，很有修养的女性，白天纺纱织布，晚上在灯下读书.她经常给顾炎武讲些历史上仁人志士的爱国故事，对他也有强烈的影响.
顾炎武的青年时代，国家已经风雨飘摇.他十五岁时，就与同乡好友归庄，参加青年知识分子的爱国进步团体复社，满腔激情地议论国家大事.
公元１６４４年，他三十二岁时，崇祯皇帝自尽于煤山，第二年，清军南下，占领南京，接着苏州陷落.顾炎武与归庄毅然参加太湖渔民与农民组织的一支义军，进攻被占领的苏州府城.义军攻进城内，但遭到清军的伏击而失败，顾炎武逃回昆山.
不久，清军派来的昆山知县，严厉督促民众执行剃发令，激起反抗怒火.民众自发组织，杀死清军的知县，推选了指挥官，关起城门，构筑工事，准备抵抗清军.顾炎武与归庄又参加了这次战斗.面对人数众多的清军，昆山人民抵抗了二十多天，又失败了.顾炎武、归庄都逃出了城，但他的四弟、五弟被清军杀害，母亲被砍断一支手臂.他的继母为抗议清军的暴行，绝食十五天而逝世.亲人的殉难，更坚定了他抗清的决心.
顾炎武听说鲁王政权还在舟山海上抗清，想渡海去投奔，但还没到达，鲁王政权已经失败.此后，他化名蒋山，扮着各种各样的身分，走遍江南江北，秘密联络各地抗清力量，希望组织新的抗清斗争.
顾炎武的活动，受到清廷的密切关注.昆山有家大地主，叫叶方恒，早已投靠清军.他为霸占顾家的田产，与顾家结下仇恨.叶方恒打听到顾炎武在秘密活动，就在顾炎武回到昆山时，向官府密告，并私自将顾炎武抓到家里，进行拷打、审问.
归庄等朋友得到消息，赶来营救.有人想出主意，冒用顾炎武的名义，写个帖子，去拜望在清廷做大官的钱谦益，要他出面说情.钱谦益本来是著名的东林党人，江南爱国人士的首领，可是清军一过长江，他就带着南京的文武百官，出城迎接清军.顾炎武非常鄙视这类变节的官僚.他听说了这个荒唐的举动时，非常激动，后来在街上贴出声明，说明帖子不是他写的.
经过一番周折，顾炎武才被释放.但叶方恒派打手继续跟踪顾炎武，在南京太平门外，他们找到机会，将顾炎武从驴背上拖下来毒打，头骨被打成重伤，差一点被打死.
为考察北方的风俗民情、山川地势，联络抗清志士，同时也为了避开仇家的纠缠，顾炎武前往到山东游历，后来又游历河北、河南，远至陕西.他到过山海关、居庸关、古北口、昌平、昌黎等关隘天险、军事要地，从当地百姓和老兵口中，了解当地自古以来发生的战争的情况.
旅行中，顾炎武常常赶着两匹马、两匹骡子，驮着书箱，只要有了心得或新的情况，他总会坐下来，打开书本，与古人的记载对照，将新的情况记录下来.他很注意当地的政治沿革、地形、特产、经济状况.这些，都是对治理国家、行军作战很有用的资料.他注重实际的研究方法，与前代学者偏重于从书本上研究，并且研究内容离国计民生、国防建设较远的情况，有很大的不同.
在西北，顾炎武会见过一位很有气节的大学者李颙（yong）.李出身贫苦人家，靠从寺庙借书学习，成为著名的大学者.清朝官府为装点门面，多次请他出去做官，都被他拒绝.后来，他们干脆用武力将他强逼到北京，在路上，他几次要自杀.官府没有办法，只好放他回家，他将自己倒锁在土窑里，饮水饭食由家里人按时接送.他拒绝再会见任何人.但他破例热情地会见顾炎武，畅谈了好几天.顾炎武为此感到特别兴奋.
顾炎武在北方广大地区游历了二十多年，积累了丰富的资料.后来，他在山东章丘县长白山下典了房子住下来，整理材料，埋头写作.写出的著作有《山东考古录》、《营平二州地名记》、《日知录》等.他早年开始写作的《天下郡国利病书》，也在北方游历的过程中完成.
晚年，顾炎武定居在陕西华阴.后来游历到山西曲沃时去世，终年七十岁.
直到去世，顾炎武都没有忘记反抗清廷的斗争.他有一首诗，咏精卫鸟（传说中的一种小鸟，不停地衔小石子，想把大海填平，毅力坚强），诗中是这样唱的：
我愿平东海，身沉心不改.
大海无平期，我心无绝时!