清朝在安定东北边疆、巩固内地的统治后，开始注重西南边疆的治理与整顿.
从元朝开始，在西南地区的四川、云南、贵州及广西、湖南、湖北少数民族地区，实行土司制度.即在少数民族生活的地区，建立土司，任命少数民族的上层人物为土知府、土知州，管理原地区.土官有许多特权，职位世袭不变，朝廷不加干涉，不受府县流官（朝廷任命，任期有限的官员）管辖.土司只象征性地向朝廷缴纳一点钱粮，有的土司一点也不承担.土司有自己的武装、监狱，按自己的习惯管理民众.
改土归流，就是取消土司的建制和特权，在土司管辖的地方，建立府、县机构，由朝廷委派有一定任期的官员管理，统一朝廷的政令.
开始时，土司制度起到过一些安定边疆的作用.但到后来，土司的权势越来越大，管理区内，土司头目作威作福，残暴统治所属的民众，任意征收赋税.土司之间，时常为争抢财物、地盘械斗.对朝廷，则经常违抗政令，甚至叛乱，骚扰周边府县，抢掠财物甚至抢掠汉民为奴隶.与邻国接境的土司，还勾结外国势力侵犯内地，造成边疆的不安定.明朝时，就已经感到土司制度的弊害，有过改土归流的政治措施.但由于明朝后期，先后忙于剿灭倭寇，抵抗后金的进攻，对付李自成、张献忠的农民起义军，没有能力推行下去.
清朝统治安定之后，这个问题又一天天突出起来.公元１７２６年（雍正四年），云南巡抚兼总督云贵事务鄂尔泰向朝廷上了一本奏疏，建议立即在西南地区全面推行改土归流的政策.
鄂尔泰是满洲镶蓝旗人，康熙帝时担任内务府官员，只是一个小小的郎官.雍正在做贝勒（皇子）时，曾请他帮忙一件事，他认为不符合皇家规矩，拒绝了.雍正很欣赏他这种不畏权贵、严格执法的精神，待坐了皇位，就让他做云南的考试官，后来做到云南巡抚，办理总督云贵事务.他到云南后，发现了土司问题的严重性，就向雍正皇帝上了几道奏章.
鄂尔泰认为，现实存在几个严重问题.第一是对一些土司行政管辖的区划不合理，不能及时制止土司头目的骚乱.例如乌蒙（今云南昭通）、镇雄（今云南镇雄）、东川（今云南东川）三土司，归属四川省，但东川距云南昆明近于四川成都.一次，乌蒙土司攻击东川土司，云南军队及时出动，击退了乌蒙兵，四川调动军队的命令才送到，差一点误了事.第二是土司对属下民众的统治很残暴.乌蒙土司每年向朝廷缴纳的赋税银两不过三百多两，但头目向百姓征收的银两，超过这个数字的一百倍.土司家娶媳妇，百姓家三年不敢结婚.百姓被土司杀死，他的亲属还要替他缴纳几十两银子的“垫刀钱”.土司统治下的民众过着
暗无天日的生活.第三是土司之间
没完没了的械斗，守边的将士管不过来，相互推诿，影响边疆安定.第四是云南边境一带的土司，多与外国接壤，一有事情，就连通外国.
鄂尔泰建议，首先是调整西南几省边境的行政区划，便于政治和军事的统一管理.接着，应该立即推行改土归流的政策.
雍正读到他的奏章，非常赞同，就批准在西南地区对土司实行改土归流，并正式委任鄂尔泰为云、贵总督，全权处理改土归流事务.
实际施行改土归流时，鄂尔泰主张让土司主动交出土地、印信，尽量采取和平招抚的方法；但又要辅以武力征剿.凡抗拒改革，甚至发动叛乱的，坚决用兵剿灭，但又不一味凭借武力.凡本人主动献出土地与印信的土司，给予优待和赏赐，还授给新官职和土地.对抗拒的，就没收财产，并将本人和家属迁徙到内地省份，另给田地房屋，安排生活.他的这些措施上报给雍正，全都得到批准.
当年农历五月，鄂尔泰首先平定了贵州长寨土司的叛乱，设立长寨厅（今贵州长顺）.不久，又将乌蒙、镇雄、东川三土府划归云南管辖.乌蒙土知府禄万钟、镇雄土知府陇庆侯不肯改革，发动叛乱，鄂尔泰果断派兵摧毁了叛乱势力，将乌蒙土司改设乌蒙府（后改称昭通府，今云南昭通）；镇雄土司改设镇雄州.广西泗城土知府岑映宸也被革去职务，将所属南盘江以北地区设置为永丰州（今贵州贞丰布依族苗族自治县），划归贵州.
大势所趋，湖南、湖北、四川势力较弱的土司，纷纷主动将土地、印信交出，改土归流政策推行得比较顺利.雍正对鄂尔泰的办事能力很欣赏，又委任他为云南、贵州、广西三省总督.
将土司改设府县后，朝廷在这些地区添设了军事机构，接着清查户口，丈量土地，建筑城池、设立学校.原来土司的征收制度被废除，改按地亩征税，数额一般少于内地，民众的负担有较大的减轻，经济文化得到发展，边疆地区不安定的因素减少，多民族国家的统一得到巩固.